O processo de desenvolvimento do Desporto Escolar começou em 1936, com o surgimento da Organização Nacional da Mocidade Portuguesa: foram organizadas as primeiras competições desportivas escolares e os primeiros grandes encontros desportivos.
Em 1974 dá-se a separação entre a Educação Física e o Desporto Escolar.
Em 2003, o Desporto Escolar deixou de ser subdireção-geral, passando a integrar a DGIDC – Direção-Geral de Inovação e Desenvolvimento Curricular, passando a incluir valências no âmbito da saúde. A partir de 2006, e ainda integrado na DGIDC, o Desporto Escolar foi diluído na orla dos vários projetos educativos, assumindo o estatuto de equiparação a Chefia de Divisão.
Equipa Feminina Juvenil 2019- Escola Secundária Júlio Dinis
Com a criação da Direção-Geral da Educação é criada também a Divisão do Desporto Escolar, que recupera assim a sua focalização no programa orientador.
A presença do Desporto Escolar em competições internacionais, que começou ainda antes de 1974, na FISEC (International Sports Federation for Catholic Schools), mantém-se nos dias de hoje: O Desporto Escolar participa não só nas provas da FISEC mas também da ISF (International School Sport Federation), em várias modalidades.
Em 2013/2014, mais de 181 mil alunos estiveram inscritos no Desporto Escolar, que se praticou em todas as escolas do ensino público do país.
É missão do Desporto Escolar contribuir para a formação integral e realização pessoal de cada aluno: “todos têm direito à cultura física e ao desporto”.